MLBドラフトは完全ウェーバー方式で行われ、前年の成績が悪いチームから順に指名権を持つ。NPBのドラフトが入札制と抽選を組み合わせるのに対し、MLBは前年最下位チームが1位指名権を得る仕組みだ。ドラフト対象は高校生、大学生、独立リーグ選手など幅広く、全20ラウンドで約600人が指名される。
指名後はマイナーリーグ（A、AA、AAA）で段階的に昇格するファームシステムを経てメジャー昇格を目指す。近年はサイニングボーナス（契約金）の総額にチームごとの上限が設けられ、戦力均衡を図る制度設計がMLBのコンペティティブバランスを支えている。
MLBドラフトは完全ウェーバー方式を採用し、前年の成績が低い球団から順に指名権が与えられる。2022年の制度改革で指名ラウンドは40巡から20巡に短縮され、各チームの年間指名数は平均22〜24名となった。ドラフト上位5名の平均契約金は約500万ドルで、1巡目全体1位のスロットバリューは約960万ドルに設定されている。指名後はルーキーリーグ、シングルA、ダブルA、トリプルAの4段階マイナーリーグを経てメジャー昇格を目指す。NPBドラフトとの最大の違いは、MLBには入札抽選制度がなく戦力均衡を指名順のみで担保する点だ。国際アマチュア選手は16歳の契約解禁日（1月15日）に各球団と交渉し、ドラフトとは別枠で契約する仕組みとなっている。